ZNAJDŹ ARTYKUŁ

Metoda symulowanego wyżarzania - zastosowanie do badania struktury i dynamiki białek

Symulowane wyżarzanie jest metodą obliczeniową, stosowaną zarówno w procesie rozwiązywania struktury biocząsteczek, jak również w modelowaniu struktury i dynamiki tych związków. Metoda ta stanowi wariant symulacji dynamiki molekularnej i jako taka zakłada klasyczne traktowanie atomów w badanym układzie. Stosuje się tutaj dodatkowe techniki pozwalające na lepszą penetrację przestrzeni konfiguracyjnej układu, m.in. podwyższenie temperatury. W pracy badano wpływ wymiany aminokwasu w antytrypsynie na strukturę jego mikrootoczenia i dynamikę całej cząsteczki białka.

Badania obszaru interfazy w błonach lipidowych metodą symulacji dynamiki molekularnej

Badania struktury i dynamiki interfazy błona/woda w czystej błonie dimirystynowo-fosfatydylocholinowej (DMPC) oraz błonie mieszanej DMPC-cholesterol (Chol) prowadzono metodą symulacji dynamiki molekularnej. W rejonie interfazy grupy polarne lipidów i wody tworzą rozległą sieć połączeń.

Zorientowana krystalizacja metaloporfiryn: wpływ pola magnetycznego i błon lipidowych

Tetrafenyloporfirynowy kompleks miedzi (CuTPP) wiąże się z lipidową dwuwarstwą. Widma elektronowego rezonansu paramagnetycznego (ERP) zorientowanych, ciekłokrystalicznych błon z fosfatydylocholiny dimyrystynowej (DMPC) zawierających CuTPP wskazują, że dla zawartości CuTPP Ł1 mol% powierzchnia cząsteczek CuTPP jest prostopadła do powierzchni błony, natomiast dla zawartości ł4 mol% ich powierzchnia jest równoległa do powierzchni błony.

Oddziaływanie cholesterolu z fosfolipidami w błonie badania metodą symulacji dynamiki molekularnej

Przeprowadzono 5-ns symulację dynamiki molekularnej uwodnionej błony w fazie ciekłokrystalicznej utworzonej z fosfatydylocholiny dimyrystynowej (DMPC) i cholesterolu (Chol). Celem analiz uzyskanych trajektorii było wyjaśnienie mechanizmu efektu porządkującego i kondensacyjnego Chol na poziomie atomowym. Uporządkowanie łańcuchów węglowodorowych w błonie DMPC-Chol jest większe niż w czystej błonie DMPC. Najbardziej uporządkowane są łańcuchy cząsteczek DMPC sąsiadujących z gładką powierzchnią a Chol.

Redakcja
Andrzej Łukaszyk - przewodniczący, Zofia Bielańska-Osuchowska, Szczepan Biliński, Mieczysław Chorąży, Aleksander Koj, Włodzimierz Korochoda, Leszek Kuźnicki, Aleksandra Stojałowska, Lech Wojtczak

Adres redakcji:
Katedra i Zakład Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu, ul. Święcickiego 6, 60-781 Poznań, tel. +48 61 8546453, fax. +48 61 8546440, email: mnowicki@ump.edu.pl

PBK Postępby biologi komórki