Niezwykłe osiągnięcia współczesnej genomiki w przybliżaniu architektury i budowy pełnych zestawów chromosomów organizmów haploidalnych wytyczyły nowe kierunki rozwoju nauk przyrodniczych na najbliższe dekady. Opierają się one na łączeniu w zespolone nurty badawcze fragmentarycznych dotąd opisów i podejść jednostkowych. Adresowanie istotnych kwestii poznawczych związanych z wyjaśnianiem fundamentalnych problemów rozwoju i różnicowania roślin, z uwzględnieniem zmiennych warunków środowiska, wymaga wielo-nurtowych podejść opartych na kompletnych zestawach genów bezpośrednio lub pośrednio uczestniczących w tych procesach. Jednym z zasadniczych celów badań opartych na zdobyczach genomiki jest przypisanie funkcji biologicznej wszystkim genom strukturalnym i rozpoznanie ich udziału w złożonych zjawiskach biologicznych. Ciekawą koncepcją metodyczną jest wprowadzenie pojęcia tzw. genomu minimalnego, a także genomu LUCA (Last Universal Common Ancestor). W biologii molekularnej roślin rolę podstawowego organizmu modelowego pełni, jak wiadomo, Arabidopsis thaliana. Dla zespolonego podjęcia analizy ekspresji genów roślinnych w skali globalnej, poznanie dynamiki proteomu oraz dla zrozumienia funkcji 25 000 genów roślin kwiatowych w kontekście komórkowym, organizmalnym (swoistości gatunkowej) i ewolucyjnym (adaptacji środowiskowych) powstał duży program badawczy "Arabidopsis 2010". Jednocześnie z wykorzystaniem metod matematycznych i komputerowych podejmowane są prace symulacyjne nad modelowaniem roślin wirtualnych, w których można drogą symulacji analizować przebieg szlaków metabolicznych w trakcie interakcji roślin z innymi organizmami i w czasie ich odpowiedzi na bodźce środowiska. Tworzone są w ten sposób podstawy dla globalnego i precyzyjnego charakteryzowania procesów życiowych oraz poznawania mechanizmów warunkujących różnorodność biologiczną.