Ogromna ilość danych biologicznych jaką dostarczają dzisiejsze analizy molekularne paradoksalnie nie zawsze przekłada się na lepsze zrozumienie badanych procesów. Nadmiar informacji powoduje potrzebę ich lepszej organizacji, wizualizacji oraz opracowania nowych metod matematycznych pozwalających na szybsze, a zarazem bardziej wiarygodne opracowywanie wyników eksperymentów. Biologia systemów jest interdyscyplinarną dziedziną nauki próbującą spełnić te wymagania. Na gruncie tej dziedziny organizmy żywe są rozpatrywane jako złożone systemy. Dlatego też nauka ta opiera się na osiągnięciach informatyki oraz matematyki w celu prowadzenia analiz tego typu systemów. Sieci Petriego, szeroko stosowane w różnych gałęziach informatyki, bardzo dobrze odwzorowują strukturę i funkcjonowanie organizmów żywych. Postęp, jaki dokonał się w informatyce oraz biologii w ostatnich dwóch dekadach, pozwolił na wykorzystanie modelowania komputerowego do realizacji zadań biologii systemów. W artykule przedstawiono ogólne wiadomości na temat modelowania procesów biologicznych za pomocą sieci Petriego, uzupełnione o ich biologiczną interpretację. Przedstawiono także ogólne informacje dotyczące teorii grafów jako strukturalnej reprezentacji sieci. Aspekt biologiczny poparto przykładami dobrze znanych procesów komórkowych.