Genomy wszystkich organizmów są bardzo stabilne. DNA jest powielany podczas fazy S cyklu komórkowego i przekazywany do potomnych komórek. Jest to ważny proces dla prawidłowego funkcjonowania organizmu i zachowania w niezmienionej formie materiału genetycznego. Nieustanne oddziaływanie różnych czynników endogennych i egzogennych na organizm prowadzi do powstawania różnego rodzaju uszkodzeń DNA. Reaktywne metabolity powstające w komórkach oraz nieprawidłowości w replikacji i rekombinacji DNA należą do czynników endogennych powodujących powstawanie spontanicznych zmian w DNA. Natomiast egzogennymi mutagenami mogą być czynniki chemiczne, m.in.: analogi zasad, związki alkilujące i aromatyczne oraz czynniki fizyczne, takie jak: światło UV, czy promieniowanie jonizujące. Do uszkodzeń wywoływanych przez te czynniki należy m.in. modyfikacja zasad azotowych, np. alkilacja i oksydacja, utrata zasady azotowej, tworzenie się dimerów cyklobutylowych, powstawanie uszkodzeń 64 pęknięć nici DNA oraz tworzenie się wiązań wewnątrz i między nićmi DNA. Uszkodzenia te mogą wywoływać genotoksyczny lub cytotoksyczny efekt w komórkach organizmu. Powstałe mutacje mają neutralny lub szkodliwy efekt na organizm, jednak mogą mieć one także pozytywny wpływ na rozwój organizmu. W takim przypadku mutant może wykazywać lepsze przystosowanie do niekorzystnych warunków środowiskowych i zwiększoną żywotność w porównaniu z formą wyjściową. W mutagenezie wykorzystuje się różne czynniki chemiczne i fizyczne do zwiększania częstotliwości występowania mutacji zarówno dla celów poznawczych, jak i hodowli roślin.