Rozpoznanie pałeczek Helicobacter pylori (H. pylori) w przewodzie pokarmowym zachodzi poprzez złożony system receptorowy naturalnego układu odporności (ang. pattern recognition receptors, PRRs). Jego ekspresję wykazują zarówno komórki nacieku zapalnego śluzówki żołądka i dwunastnicy (limfocyty, makrofagi, granulocyty, komórki tuczne, etc) jak i komórki nabłonka. System ten jest ewolucyjnie bardzo konserwatywny. Ma decydujące znaczenie w uruchamianiu określonych mechanizmów odpornościowych w odpowiedzi na czynniki infekcyjne i nieinfekcyjne. W jego skład wchodzą co najmniej 4 grupy receptorów: a) Toll-like receptors (TLRs), b) NOD like receptors (NLRs), c) RIG like receptors (RLRs), d) C-type lectin receptors (CLRs). Receptory te roz�poznają określone swoistości drobnoustrojów (ligandy). TLRs wykazują powinowactwo do określonych struktur drobnoustrojów, tj. lipopolisacharydów (TLR-4), lipoprotein (TLR-2), flageliny (TLR-5) i niemetylowanych regionów CpG DNA (TLR-9). Receptory typu TLR-2, TLR-4, TLR-5, CLR (DC-SIGN) wykazują ekspresję błonową, zewnątrzkomórkową, natomiast receptor typu TLR-9, RLRs, endosomalną oraz NLRs – cytoplazmatyczną. Wymienione grupy receptorów związane są z określonymi komórkowymi szlakami sygnałowymi, które ulegają aktywacji po interakcji PRRs z odpowiednimi ligandami. Mechanizm ten zapewnia odpowiedni profil odpowiedzi odpornościowej, który może skutkować albo eliminacją czynnika infekcyjnego (działanie protekcyjne) lub też brakiem eliminacji (zapalenie przewlekłe). Mechanizm ten jest ściśle kontrolowany przez negatywne białka regulatorowe i microRNAs. H. pylori ma zdolność manipulowania układem odpornościowym gospodarza tak, aby nie reagował on na ligandy drobnoustroju. Dotyczy to zwłaszcza LPS i prowadzi do wytworzenia tolerancji na endotoksynę, co chroni bakterię przed eliminacją i umożliwia jej przetrwanie w błonie śluzowej żołądka przez całe życie gospodarza. W zależności od interakcji H. pylori – układ immunologiczny gospodarza, zapalenie przechodzi w przewlekły stan zapalny, a ostatecznie może prowadzić do atrofii błony śluzowej żołądka, a w konsekwencji także – raka żołądka.