Trójniciowy DNA może powstawać w wyniku specyficznych sekwencyjnie oddziaływań dwuniciowego DNA z jednoniciowymi oligonukleotydami nazywanymi TFO. Istnieje wiele potencjalnych zastosowań strategii indukcji struktur trójniciowych przez te cząsteczki. Umożliwiają one specyficzne blokowanie sekwencyjnie replikacji oraz regulację ekspresji genów przez hamowanie transkrypcji. Szczególnie obiecująca, ze względu na potencjalne możliwości zastosowania w terapii genowej, jest zdolność TFO do wprowadzania mutacji do genomowego DNA oraz indukcji homologicznej rekombinacji. Nim jednak będzie można wykorzystać TFO i ich analogi w praktyce, konieczne jest przeprowadzenie szeregu badań.