Polarny transport auksyn, odbywający się z udziałem białek nośnikowych, jest unikalnym sposobem rozprowadzania auksyny w roślinie umożliwiającym powstawanie w określonych komórkach lub tkankach gradientu stężenia fitohormonu. W transporcie auksyny uczestniczą białka należące do trzech rodzin: nośniki PIN (PIN-formed), pompy PGP/ABCB (P-glycoprotein/ATP binding cassette) i permeazy AUX1/LAX (AUXIN RESISTANT1/LIKE-AUX1). Wyniki dotychczasowych badań potwierdziły, iż pięć, spośród ośmiu białek PIN A. thaliana, funkcjonuje jako nośniki transportujące auksynę z komórki. Białka PGP/ABCB, należące do nadrodziny transporterów z kasetą wiążącą ATP, stanowią drugą grupę transporterów pompujących auksynę z komórki do przestrzeni zewnątrzkomórkowej. Z tej rodziny białek najlepiej w A. thaliana scharakteryzowano transportery PGP1/ABCB1, PGP19/ABCB19 i PGP4/ABCB4. Wyniki najnowszych badań sugerują, że białka PIN i PGP, funkcjonujące jako niezależne transportery eksportujące auksynę samodzielnie, in vivo współdziałają w transporcie fitohormonu. W transporcie auksyny z apoplastu do wnętrza komórki uczestniczy symporter AUX1 oraz trzy jego funkcjonalne analogi LIKE-AUX1. Problemem skupiającym obecnie uwagę wielu badaczy jest niezwykła elastyczność mechanizmów redystrybucji w obrębie komórki białek transportujących auksyny, jawiących się jako kluczowe elementy regulujące polarny transport fitohormonu. Wewnątrzkomórkowa relokalizacja transporterów auksyn, możliwa dzięki konstytutywnemu recyklingowi białek, obejmuje endocytarną internalizację i przeniesienie białek w transporcie pęcherzykowym do endosomu, a następnie ich powrót do błony komórkowej dzięki transportowi egzocytarnemu. Ostatnie badania pokazały, że internalizacja białek PIN odbywa się za pośrednictwem transportu pęcherzykowego zależnego od klatryny. Powrót transporterów z różnych kompartymentów endosomów do błony plazmatycznej lub ich transport do wakuoli litycznych podlega skomplikowanej regulacji, w której pośredniczą małe białka G, kompleksy retromerowe i kinazy białkowe podrodziny AGCVIII. Zmiany błonowej lokalizacji białek PIN obserwowano w embriogenezie, inicjowaniu korzeni bocznych, filotaksji, a także w niektórych odpowiedziach tropowych. Wykazano, że grawistymulacja korzenia, odbierana przez komórki kolumelli, zmienia lokalizację PIN3 z apolarnej na polarną, prowadząc do asymetrycznego rozkładu auksyny w części elongacyjnej korzenia. Podobnie, odpowiedź fototropowa w postaci wygięcia hypokotyla, pozostająca w ścisłym związku z nierównomiernym rozmieszczeniem auksyny, zależna jest od polarnej lokalizacji PIN3 w komórkach endodermy.