W pracy przedstawiono krótki przegląd sposobów opisu efektów polarnego środowiska w symulacjach dynamiki molekularnej bioukładów. Dokładniej omówiono: (1) skalowanie oddziaływań elektrostatycznych, (2) potencjał solwatacji, (3) efekt polaryzacji rozpuszczalnika oraz (4) jawne uwzględnienie cząsteczek wody. Podano teoretyczne podstawy metod oraz możliwe obszary ich zastosowań. Kolejność omawiania metod odpowiada rosnącym równolegle z ich złożonością wymaganiom obliczeniowym. Na koniec przedstawiono wybrane parametryzacje cząsteczki wody, których celem jest możliwie wierne odtworzenie własności wody w fazie skondensowanej.