Wspólną cechą dotąd zbadanych DNA centromerowych jest obecność układów tandemowych, przy czym wchodzące w ich skład monomery w poszczególnych chromosomach tego samego gatunku mogą różnić się strukturą I-rzędową. Pewne ogólne podobieństwo sekwencji centromerowego DNA stwierdza się w rzędzie Naczelnych, a także u spokrewnionych gatunków roślin wyższych. U traw głównym składnikiem DNA centromerowego są retroelementy z rodzin gypsy i copia, które u roślin dwuliściennych bywają obecne w nieznacznych ilościach.