Izoprostany są produktami wolnorodnikowej reakcji peroksydacji wielonienasyconych kwasów tłuszczowych wchodzących w skład fosfolipidów. Związki te powstają również na drodze enzymatycznej zależnej od cyklooksygenazy-1 i cyklooksygenazy-2. Pozwala to przypuszczać, że izoprostany, tak jak inne związki powstające na drodze enzymatycznej przemiany kwasów tłuszczowych, wykazują aktywność biologiczną. Izoprostany występują w organizmie w formie związanej z błoną komórkową oraz w formie wolnej w płynach biologicznych ciała.