Procesy degradujące transkrypty zawierające przedwczesny kodon stop lub w ogóle pozbawione kodonu stop chronią komórki przed powstaniem niefunkcjonalnych, a czasem toksycznych białek. Szlaki degradacji takich mRNA opisano u ssaków, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, drożdży i roślin. Etapy degradacji, jak i uczestniczące w tym procesie czynniki białkowe nie zawsze są identyczne u różnych organizmów.

Transkrypty mitochondrialnych genów, zanim w pełni przekształcą się w dojrzały mRNA, podlegają kilku modyfikacjom potranskrypcyjnym, do których należy wycinanie intronów, redagowanie oraz obróbka 3’ i 5’ końca transkryptów. Procesy potranskrypcyjne prowadzące do powstania dojrzałych, funkcjonalnych mRNA są regulowane przez czynniki, które stabilizują bądź degradują te cząsteczki. Poziom stabilnych mitochondrialnych RNA jest związany w pierwszym rzędzie z aktywnością transkrypcyjną genu, na którą wpływa między innymi budowa promotora i liczba kopii genu.