W ostatnich latach zgromadzono liczne dowody eksperymentalne wskazujące, że ekspresja niektórych genów jądrowych, w szczególności tych, które kodują białka chloroplastowe, podlega retrogradowej regulacji przez sygnały pochodzenia plastydowego. Regulacja może się odbywać zarówno na poziomie transkrypcji, jak i translacji mRNA.

Kontrolowana degradacja białek jest procesem zaangażowanym w regulację wielu ważnych procesów komórkowych, w tym cyklu komórkowego, różnicowania, kierowania i dystrybucji białek oraz programowanej śmierci komórki. Od kilkunastu lat wiadomo, że degradacja specyficznych białek jest również bardzo istotnym elementem mechanizmów decydujących o biogenezie chloroplastów i ich adaptacjach do zmieniających się warunków środowiskowych oraz że proteazy odpowiedzialne za trawienie białek chloroplastowych są zlokalizowane w samych chloroplastach.