Chondrocyty wykazują ekspresję cząsteczek głównego układu zgodności tkankowej klasy I i II oraz prawdopodobnie antygenu(ów) tkankowo swoistego(ych). Przeszczepy izolowanych syngenicznych chondrocytów pochodzących z chrząstki szklistej lub sprężystej odtwarzają chrząstkę podobną do tkanki, z której pochodzą, choć z mniej regularnym rozmieszczeniem komórek. Chondrocyty allogeniczne również odtwarzają chrząstkę, jest ona jednak otaczana przez limfocyty i makrofagi i stopniowo resorbowana. Ponadto wywołują one uogólnioną reakcję biorcy zarówno typu komórkowego, jak i humoralnego.