Proteomika kliniczna zajmuje się badaniami na pograniczu chemii, biochemii i medycyny, wykorzystując nowoczesne narzędzia badawcze, jak m.in. techniki mikroekstrakcji i separacji złożonych próbek biologicznych, metody identyfikacji białek za pomocą spektrometrii mas i bioinformatykę. Na współczesną proteomikę składają się zarówno badania podstawowe, jak też badania kliniczne. Pomiędzy tymi dyscyplinami zachodzi ciągła wymiana informacji (translacja), przyczyniając się do stałego postępu wiedzy o określonych schorzeniach.