Procesy degradujące transkrypty zawierające przedwczesny kodon stop lub w ogóle pozbawione kodonu stop chronią komórki przed powstaniem niefunkcjonalnych, a czasem toksycznych białek. Szlaki degradacji takich mRNA opisano u ssaków, Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, drożdży i roślin. Etapy degradacji, jak i uczestniczące w tym procesie czynniki białkowe nie zawsze są identyczne u różnych organizmów. Rozpoznanie nieprawidłowych mRNA zależy od przestrzennego oddziaływania pomiędzy składnikami rybosomu zatrzymanego na kodonie stop a białkami wiążącymi się w rejonie 3’UTR transkryptu. Poszczególne czynniki białkowe zaangażowane w degradację mogą też uczestniczyć w innych procesach, takich jak: cykl komórkowy, replikacja czy wyciszanie genów. W komórkach prokariotycznych na straży jakości mRNA stoją cząsteczki tmRNA, które zachowują się jak tRNA i mRNA. Funkcją tmRNA jest rozpoznanie transkryptu bez kodonu stop na rybosomie, dokończenie syntezy wadliwego białka w procesie trans-translacji i przywrócenie rybosomom stanu aktywności. tmRNA naznacza jednocześnie wadliwe mRNA i białko do degradacji.