Oddziaływania pomiędzy roślinami wyższymi i mikroorganizmami w naturalnych ekosystemach należą do najbardziej rozpowszechnionych i pożytecznych typów interakcji pomiędzy genetycznie odległymi organizmami. Przykładami są asocjacje roślin kwiatowych z grzybami Glomeromycota tworzącymi arbuskularną mikoryzę, a także bardziej wyspecjalizowana endosymbioza roślin motylkowatych z bakteriami glebowymi należącymi do gatunków Rhizobium. Badania skamieniałości paleontologicznych oraz szacunki filogenetyczne wskazują, że mikoryza mogła pojawić się w tym samym czasie, co rośliny lądowe. Na tej podstawie niektórzy badacze sugerują, że kolonizacja lądów była w ogóle możliwa dzięki symbiozie roślin z grzybami. Kluczową rolę w ustanowieniu dialogu molekularnego pomiędzy partnerami symbiozy odgrywa wymiana niskocząsteczkowych związków sygnalnych. Indukują one wieloetapowy i złożony proces ustanowienia symbiozy, w którym uczestniczy znaczna liczba czynników białkowych. Badania ostatnich lat ukazały, że w zawiązaniu symbiozy roślin motylkowatych oraz w morfogenezie brodawek korzeniowych ważną rolę odgrywają hormony roślinne cytokininy.