Merystem apikalny pędu pełni dwie zasadnicze funkcje: samoodtwarzania i tworzenia zawiązków organów bocznych, takich jak liście i pędy pachwinowe. Funkcje te są ściśle związane ze strefami cytohistologicznymi merystemu. Strefa centralna, która jest zaangażowana w samoodtwarzanie merystemu, u Arabidopsis thaliana charakteryzuje się ekspresją genów rodziny CLAVATA i WUSCHEL. Tworzenie zawiązków organów bocznych następuje w strefie peryferycznej. Położony poniżej strefy centralnej merystem słupowy uczestniczy w tworzeniu łodygi. Zaburzenie transdukcji sygnałów CLV - WUS może prowadzić do dwóch różnych efektów fenotypowych. Przy braku aktywności jednego z genów CLV następuje nadmierna proliferacja komórek strefy centralnej i powiększenie rozmiarów merystemu. Natomiast w przypadku braku aktywności genu WUS, po wytworzeniu kilku zawiązków pula komórek merystemu zostaje prawie całkowicie zużyta. Efekt wczesnego zahamowania rozwoju merystemu został również stwierdzony u roślin z nadekspresjąCLV3. Badania ostatnich kilku lat wykazały istotny i często bezpośredni wpływ produktów innych genów na ekspresję genów WUSCHEL i CLAVATA, a tym samym na regulację samoodtwarzania merystemu. Szczególnej regulacji podlega ekspresja genu WUS. Produkty genów ULTRAPETALA, HANABA TARANU i AGAMOUS hamują ekspresję, natomiast SPLAYED i STIMPY – aktywują. Większość tych produktów to czynniki transkrypcyjne. Eksperymenty z laserową ablacją strefy centralnej merystemu apikalnego pędu pomidora (Lycopersicon esculentum) wskazują, że komórki otaczające strefę centralną są zdolne do indukowanej ekspresji genu ortologicznego do WUS Arabidopsis. Dzięki temu merystem odbudowuje strefę centralną na terenie strefy peryferycznej i staje się zdolny do dalszego funkcjonowania. Badania nad genetyczną kontrolą funkcjonowania merystemu apikalnego pędu są prowadzone nie tylko na Arabidopsis thaliana, ale również Oryza sativa i Zea mays – na gatunkach jednoliściennych, dla których opisano geny ortologiczne do AtCLV lubAtWUS.