Krew pępowinowa jest alternatywnym źródłem krwiotwórczych komórek macierzystych (KKM), w stosunku do szpiku kostnego i krwi obwodowej. Zaletą krwi pępowinowej (KP) jako źródła KKM jest to, że jest ona względnie łatwo dostępna, a ponadto jej KKM mają większy potencjał proliferacyjny i po przeszczepieniu wywołują reakcję GvH mniej nasiloną niż KKM ze szpiku kostnego i krwi obwodowej. Natomiast wadą jest niewielka ilość KP uzyskiwana jednorazowo, a więc i liczba KKM. W praktyce służyć może jedynie do przeszczepów allogenicznych, chociaż propagowane jest, głównie ze względów komercyjnych, bankowanie KP dla ewentualnych przyszłych przeszczepów autologicznych. Jednak nie ma dowodów, że przechowywane przez wiele lat KKM będą równie wartościowe jak świeżo uzyskane. Wiele doniesień wskazuje na to, że KP może być źródłem innych komórek macierzystych niż krwiotwórcze, a mianowicie: neurogennych, kardiomiogennych, mezenchymatycznych, hepatogennych i prekursorowych dla wysp trzustkowych. Jednak publikowane wyniki tych badań nie dla wszystkich są przekonujące.