W komórkach drożdży i ssaków RNA ulegają degradacji w złożonych mechanizmach zachodzących w cytoplazmie, jądrze i mitochondriach. Procesy degradacji wadliwych transkryptów z przedwczesnym kodonem stop lub pozbawionych kodonu stop zapobiegają syntezie niefunkcjonalnych, a także potencjalnie szkodliwych białek. U drożdży Saccharomyces cerevisiae opisano mechanizm, w którym degradacji ulegają cząsteczki mRNA zawierające strukturę typu ramię-pętla. W komórkach eukariotycznych transkrypty zawierające w rejonie 3' UTR sekwencje bogate w adeninę i uracyl charakteryzują się krótkim okresem półtrwania. Sekwencje te regulują stężenie transkryptów w komórce. W degradacji mRNA w jądrze komórkowym drożdży uczestniczą: wieloenzymatyczny egzosom jądrowy, egzonukleaza Rat1p oraz heterodimeryczny kompleks białkowy wiążący czapeczkę. Mitochondrialne RNA ulegają trawieniu z udziałem degradosomu mitochondrialnego (mtEXO). Interferencja RNA polega na degradacji mRNA zależnej od dwuniciowego RNA. Układ 2-5A/RNaza L hamuje replikację RNA-wirusów.