Kontrolowana degradacja białek jest procesem zaangażowanym w regulację wielu ważnych procesów komórkowych, w tym cyklu komórkowego, różnicowania, kierowania i dystrybucji białek oraz programowanej śmierci komórki. Od kilkunastu lat wiadomo, że degradacja specyficznych białek jest również bardzo istotnym elementem mechanizmów decydujących o biogenezie chloroplastów i ich adaptacjach do zmieniających się warunków środowiskowych oraz że proteazy odpowiedzialne za trawienie białek chloroplastowych są zlokalizowane w samych chloroplastach. Ustalono, że część spośród proteaz chloroplastowych jest odpowiedzialna za proteolityczną obróbkę form prekursorowych białek chloroplastowych, część katalizuje procesy degradacyjne towarzyszące adaptacji aparatu fotosyntetycznego do zmian natężenia światła i temperatury, a jeszcze jedna grupa proteaz chloroplastowych atakuje białka uszkodzone, skierowane do niewłaściwego kompartmentu wewnątrz chloroplastu lub syntetyzowane w niestechiometrycznych ilościach względem zasocjowanych z nimi in vivo innych białek bądź kofaktorów. W niniejszym opracowaniu podsumowano aktualny stan wiedzy na temat wewnątrzchloroplastowej kompartmentacji poszczególnych proteaz, ich struktury (w tym homologii strukturalnej wobec proteaz bakteryjnych) i właściwości funkcjonalnych oraz zmienności ekspresji w odpowiedzi na zmieniający się kontekst ontogenetyczny i środowiskowy.