Przeciwciała to substancje białkowe zdolne do swoistego wiązania się z antygenem. Przeciwciała poliklonalne to grupa przeciwciał, które rozpoznają różne epitopy tego samego antygenu. Przeciwciała monoklonalne to przeciwciała rozpoznające wyłącznie jeden epitop. Obydwa typy przeciwciał mają zastosowanie diagnostyczne jednak tylko przeciwciała monoklonalne mają zastosowanie w cytometrii przepływowej. Dzięki sprzęganiu przeciwciał z barwnikami fluorescencyjnymi możliwe jest wykrywanie antygenów różnych typów komórek. Rozwiązania techniczne współczesnych cytometrów przepływowych dają możliwość odczytu do kilkunastu różnych fluorescencji jednocześnie, co w praktyce oznacza możliwość jednoczesnej oceny ekspresji do kilkunastu różnych antygenów jednej komórki.