Badania ostatnich kilku lat dowodzą, że apoptoza odgrywa istotną rolę nie tylko w odrzucaniu przeszczepu, ale także w indukcji tolerancji transplantacyjnej. Apoptoza – programowana śmierć komórek jest aktywnym procesem dotyczącym zbędnych bądź nieprawidłowych komórek. W odpowiedzi na przeszczep allogeniczny szczególne znaczenie mają dwa mechanizmy: AICD – śmierć komórek indukowana aktywacją, związana z połączeniem Fas/FasL oraz PCD – pasywna śmierć komórek powodowana niedoborem cytokin. Odrzucanie przeszczepu zachodzi ze względu na różnice genetyczne pomiędzy dawcą a biorcą. W niszczeniu przeszczepu uczestniczą komórki efektorowe, w tym alloreaktywne limfocyty CD8. Wykazują one ekspresję FasL, indukując w ten sposób apoptozę Fas-pozytywnych komórek przeszczepu. Udział obwodowej delecji w indukcji tolerancji transplantacyjnej zależy od ilości alloreaktywnych limfocytów – apoptoza jest potrzebna do obniżenia ich poziomu do takiego, który może być pod kontrolą mechanizmów regulacyjnych (model pool size). Apoptoza ułatwia również rozwój stanu immunoregulacyjnego poprzez działanie antyzapalne i związaną z tym supresję immunostymulacyjnych zdolności APC. Terapeutyczne strategie indukcji tolerancji przeszczepu poprzez delecję alloreaktywnych limfocytów obejmują: makrochimeryzm, modyfikacje ekspresji FasL, blokadę kostymulacji oraz przeciwciała anty-CD28 stosowane w obecności IFN-y. Wiele leków immunosupresyjnych hamując aktywację limfocytów prawdopodobnie uniemożliwia zajście apoptozy (np. CsA i FK506), ale są również takie, których działanie opiera się przypuszczalnie na indukcji apoptozy (np. RAPA i MMF). Apoptoza alloreaktywnych limfocytów wydaje się być niezbędna dla uzyskania tolerancji przeszczepu. Nie tylko bezpośrednio obniża liczbę komórek atakujących przeszczep, ale również ułatwia wytworzenie stanu immunoregulacyjnego.