Transkryptomika przestrzenna (ang. spatial transcriptomics, ST) stanowi nowoczesne podejście metodologiczne umożliwiające analizę ekspresji genów z jednoczesnym zachowaniem informacji o ich lokalizacji przestrzennej. W ostatniej dekadzie obserwowany jest dynamiczny rozwój technologii ST, obejmujący zarówno metody oparte na obrazowaniu (MERFISH, seqFISH, Xenium), jak i na sekwencjonowaniu nowej generacji (Visium, Visium HD, Stereo-seq). Niniejsza praca przeglądowa przedstawia systematyczne omówienie dostępnych platform technologicznych, narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych do analizy danych oraz kluczowych zastosowań transkryptomiki przestrzennej w neurobiologii, badaniach onkologicznych oraz biologii rozwoju. Szczególną uwagę poświęcono również wyzwaniom metodologicznym, w tym zagadnieniom dekonwolucji sygnału oraz integracji danych ST z danymi sekwencjonowania pojedynczych komórek. Transkryptomika przestrzenna otwiera nowe możliwości w badaniach podstawowych i translacyjnych, oferując pogłębiony wgląd w architekturę molekularną narządów oraz materiału tkankowego.