Genom Arabidopsis thaliana zawiera ponad 1300 genów (~5% proteomu) kodujących poszczególne elementy układu ubikwityna/proteasom 26S, z czego około 90% koduje mono- i oligomeryczne ligazy ubikwitynowe E3 odpowiedzialne za swoiste rozpoznanie białek kierowanych do degradacji. Roślinne ligazy E3 tworzą zróżnicowaną rodzinę białek lub kompleksów białkowych z charakterystycznymi domenami RING-finger, U-box lub HECT. Wyniki badań prowadzonych w ostatnich latach wskazują, że zależna od ubikwityny degradacja białek odgrywa kluczową rolę w sygnalizacji hormonalnej i samoniezgodności, reguluje fotomorfogenezę oraz kontroluje reakcje obronne przeciw patogenom.