Oddziaływania pomiędzy roślinami wyższymi i mikroorganizmami w naturalnych ekosystemach należą do najbardziej rozpowszechnionych i pożytecznych typów interakcji pomiędzy genetycznie odległymi organizmami. Przykładami są asocjacje roślin kwiatowych z grzybami Glomeromycota tworzącymi arbuskularną mikoryzę, a także bardziej wyspecjalizowana endosymbioza roślin motylkowatych z bakteriami glebowymi należącymi do gatunków Rhizobium. Badania skamieniałości paleontologicznych oraz szacunki filogenetyczne wskazują, że mikoryza mogła pojawić się w tym samym czasie, co rośliny lądowe.