Otrzymanie mutantów stanowi punkt wyjścia do analizy funkcjonalnej wybranych genów. Klasyczne metody generowania różnych typów mutacji genowych bądź chromosomowych oparte są na stosowaniu czynników fizycznych lub chemicznych. Metodą pozwalającą na identyfikację w kolekcji mutantów rośliny z mutacją w wybranym genie jest TILLING. Szczególne znaczenie w badaniach nad roślinami mają obecnie mutanty insercyjne T-DNA, otrzymywane metodą transformacji genetycznej z wykorzystaniem bakterii Agrobacterium thumefaciens.