Makrofagi są komórkami zaangażowanymi w zjawisko usuwania niepotrzebnych elementów komórki, które jest określane jako eferocytoza – proces pochłaniania i eliminowania komórek apoptotycznych. Rola tego procesu polega na uniknięciu stanu zapalnego po apoptozie w warunkach fizjologicznych i patologicznych (głównie infekcje bakteryjne, wirusowe i pasożytnicze). Ze względu na swoją funkcję i charakter, proces ten może być w przyszłości uważany za rodzaj endocytozy. Funkcję eferocytozy wykazano w odpowiedzi przeciwdrobnoustrojowej, zapaleniu, a także w wielu różnych chorobach.