Określenie rodzaju i liczby markerów molekularnych ma istotne znaczenie dla wyników badań molekularno-genetycznych. Na tym etapie najważniejszym czynnikiem jest powodzenie typu i liczby markerów w znalezieniu przydatnych loci polimorficznych. Stopień polimorfizmu powinien być oceniany przez wartości zawartości informacji o polimorfizmie i heterozygotyczności. Innymi miarami dla markerów molekularnych są również wskaźnik markera, efektywny stosunek multipleksów i stosunek rozdzielczy. Do obliczania tych parametrów dostępne jest różne oprogramowanie.