W jajniku kobiety w okresie reprodukcyjnym apoptoza jest naturalnym, fizjologicznym procesem i dotyczy przede wszystkim komórek ziarnistych i komórek osłonki. Proces ten decyduje o ilości pęcherzyków jajnikowych, wydolności ciałka żółtego, a tym samym wpływa na steroidogenezę. Jest też przyczyną menopauzy. Apoptoza zapewnia homeostazę komórek jajnika i zabezpiecza je przed nieprawidłowym funkcjonowaniem. Dokładne poznanie mechanizmów regulujących apoptozę w jajniku ludzkim ma także wymiar kliniczny.