Genetyczne, biochemiczne i cytologiczne studia na temat metylacji cytozyny w DNA u organizmów eukariotycznych skłaniają do powiązania tego procesu z metylacją histonów, interferencją RNA (RNAi) i modelowaniem struktury chromatyny. Jest również oczywiste, że nie ma pojedynczej drogi objaśniającej powstawanie wszystkich znanych typów metylacji DNA u Eukaryota. W tym artykule zebrano wiedzę na temat kilku powszechnych mechanizmów odpowiedzialnych za kontrolę metylacji DNA.