Otrzymanie mutantów stanowi punkt wyjścia do analizy funkcjonalnej wybranych genów. Klasyczne metody generowania różnych typów mutacji genowych bądź chromosomowych oparte są na stosowaniu czynników fizycznych lub chemicznych. Metodą pozwalającą na identyfikację w kolekcji mutantów rośliny z mutacją w wybranym genie jest TILLING. Szczególne znaczenie w badaniach nad roślinami mają obecnie mutanty insercyjne T-DNA, otrzymywane metodą transformacji genetycznej z wykorzystaniem bakterii Agrobacterium thumefaciens.

Genomy wszystkich organizmów są bardzo stabilne. DNA jest powielany podczas fazy S cyklu komórkowego i przekazywany do potomnych komórek. Jest to ważny proces dla prawidłowego funkcjonowania organizmu i zachowania w niezmienionej formie materiału genetycznego. Nieustanne oddziaływanie różnych czynników endogennych i egzogennych na organizm prowadzi do powstawania różnego rodzaju uszkodzeń DNA. Reaktywne metabolity powstające w komórkach oraz nieprawidłowości w replikacji i rekombinacji DNA należą do czynników endogennych powodujących powstawanie spontanicznych zmian w DNA.

TILLING (ang. Targeting Induced Local Lesions IN Genomes) i FOX-hunting (ang. Full-length cDNA Over-eXpressing gene hunting system) to nowe metody badawcze, które umożliwiają masową i szybką analizę funkcjonalną genów. Przyspieszenie prac w tym obszarze nauk biologicznych jest konieczne do systematyzowania danych uzyskiwanych w programach sekwencjonowania genomów, genów oraz EST (ang.Expressed Sequence Tag), a także w programach badań zmian ekspresji genów, prowadzonych przy zastosowaniu analizy mikromacierzy DNA.