Transkrypty mitochondrialnych genów, zanim w pełni przekształcą się w dojrzały mRNA, podlegają kilku modyfikacjom potranskrypcyjnym, do których należy wycinanie intronów, redagowanie oraz obróbka 3 i 5 końca transkryptów. Procesy potranskrypcyjne prowadzące do powstania dojrzałych, funkcjonalnych mRNA są regulowane przez czynniki, które stabilizują bądź degradują te cząsteczki. Poziom stabilnych mitochondrialnych RNA jest związany w pierwszym rzędzie z aktywnością transkrypcyjną genu, na którą wpływa między innymi budowa promotora i liczba kopii genu.