Serotonina jest ważnym neuroprzekaźnikiem odgrywającym rolę w funkcjonowaniu organizmu przez regulację procesów fizjologicznych i behawioralnych. Ma także udział w kontrolowaniu działania zegara biologicznego, umieszczonego w jądrach nadskrzyżowaniowych (SCN) podwzgórza. Unerwienie serotoninergiczne pochodzi ze środkowego jądra szwu śródmózgowia i wchodzi w interakcje z pozostałymi dwoma głównymi projekcjami dochodzącymi do SCN. Podstawowa rola serotoniny polega na modulowaniu pracy zegara biologicznego przez osłabienie przenoszenia informacji świetlnej docierającej do SCN.