Proces morfogenezy roślin zależy w znacznej mierze od zrównoważonych interakcji hormonalnych. Oddziaływania poszczególnych grup fitohormonów zachodzące na poziomie regulacji szlaków metabolizmu, przekazywania sygnałów oraz transportu, mogą mieć charakter synergistyczny lub antagonistyczny. Wyniki wieloletnich badań wskazują, że wzrost i rozwój łodygi jest wypadkową współdziałania głównie auksyn, giberelin (GA), cytokinin (CK) oraz etylenu (ET). Integratorem ścieżek sygnałowych GA i CK są białka SPY.

Wzrost i rozwój organizmów przebiegający według schematu zapisanego w genach podlega również znacznym modyfikacjom pod wpływem czynników środowiskowych i hormonalnych. Dotychczas poznano siedem klasycznych grup hormonów roślinnych. Biorąc pod uwagę niewielką liczbę tych związków nasuwa się pytanie o sposób ich kontroli nad wysoce złożonymi i różnorodnymi procesami morfogenetycznymi. Należy przyjąć, że fitohormony w większym stopniu wywołują określoną odpowiedź fizjologiczną poprzez sieć wzajemnych oddziaływań (ang. cross-talk, cross-regulation), niż indywidualne szlaki przekazywania sygnału.