Neocentromery są strukturami w pełni aktywnymi w procesie separacji chromatyd i ich kierowania ku biegunom wrzeciona podziałowego podczas mitozy i mejozy. Nukleosomy chromatyny centromerowej zawierają białko CENP-A i jego homologi, będące wariantami histonu H3 i decydujące o tożsamości centromeru/neocentromeru. Neocentromery powstają w odległych, niecentromerowych strefach chromosomów i dlatego zawierają DNA inny niż centromerowy. Utworzenie centromeru może być odpowiedzią na dezaktywację endogennego centromeru.