Neocentromery nie zawierają DNA charakterystycznego dla endogennych centromerów, tj. tandemowych układów sekwencji powtarzalnych; zatem rodzaj DNA nie decyduje o tożsamości neocentromerów. Tworzenie neocentromerów odbywa się przez mechanizmy epigenetyczne. Jest prawdopodobne, że ośrodkiem tworzenia neocentromerów w odcinkach euchromatynowych chromosomów mogłyby być ruchome elementy, które licznie występują w genomach eukariotycznych i są również obecne we właściwym centromerze oraz w przylegającej do niego heterochromatynie przycentromerowej.

Heterochromatyna zwana „konstytutywną“ i euchromatyna różnią się rodzajem DNA (sekwencje niekodujące powtórzone tandemowo oraz kodujące unikatowe) oraz modyfikacjami epigenetycznymi, tj. metylacją DNA, histonów H3 i H4, a także ich acetylacją. Metylacje te powodują trwałą kondensację heterochromatyny. Wyciszenie genów w euchromatynie jest spowodowane przez odwracalną jej kondensację, która zachodzi w wyniku epigenetycznych modyfikacji DNA oraz histonów H3 i H4 charakterystycznych dla heterochromatyny.