Cytometria przepływowa wykorzystywana jest w badaniach roślin do oznaczania ploidalności, aktywności cyklu komórkowego, poziomu endoreplikacji oraz wielkości genomu. Analizie można poddawać niemal każdy rodzaj materiału roślinnego, włączając ten pochodzący z kultur tkankowych. Przedstawiono protokoły przygotowywania prób i przeprowadzania analiz tkanek roślinnych, a także podano składy buforów do izolacji i wybarwiania jąder.