Cytokiny są białkami regulującymi rozwój i czas trwania prawidłowej i patologicznej odpowiedzi immunologicznej. Odpowiedzialne są za przekazywanie informacji pomiędzy komórkami układu odpornościowego oraz zapewniają komunikację między układem odpornościowym a nerwowym i hormonalnym. Uczestniczą w odpowiedzi immunologicznej, biorą udział w hematopoezie, apoptozie, zapaleniu, utrzymaniu homeostazy organizmu. Określone populacje limfocytów charakteryzują się właściwym dla nich spektrum produkowanych cytokin. W stanach chorobowych ich synteza może być zaburzona. Analiza ekspresji cytokin dostarcza informacji na temat stanu funkcjonalnego układu odpornościowego. Cytometria przepływowa jest metodą z wyboru umożliwiającą wieloparametryczną analizę pojedynczych komórek. Antygeny wyznakowane specyficznymi przeciwciałami sprzężonymi z fluorochromami mogą być wykrywane na powierzchni oraz wewnątrz komórek po utrwaleniu i permeabilizacji ich błony. Metoda ta daje duże możliwości badawcze oraz stwarza szereg problemów.