ZNAJDŹ ARTYKUŁ

Volume: 
Supplement: 
25
Date of issue: 

Kompletne sekwencje genomowe są wartościowym źródłem nowej wiedzy i otwierają nowe naukowe horyzonty dla genetyki molekularnej i genomiki funkcjonalnej. Podczas ostatniej dekady nowe możliwości rozwijają się dynamicznie dzięki opracowaniu nowych generacji sekwenatorów WGS. Z użyciem tych sekwenatorów możliwe staje się odczytywanie coraz to dłuższych fragmentów sekwencji DNA przy jednoczesnym obniżaniu kosztów odczytu. Rezultatem tego technicznego postępu stało się powstanie nowych inicjatyw, takich jak Arabidopsis 1001 genomes [61]. W naszych badaniach mających na celu ustalenie sekwencji genomu ogórka wykorzystaliśmy bibliotekę BAC złożoną z 32 640 klonów. Sekwencjonując końce klonów BAC uzyskano 44 276 885 nukleotydów STC, reprezentujących około 12,06% całkowitego genomu ogórka z zawartością sekwencji kodujących około 23,76%. Następnie 8 razy zsekwencjonowaliśmy cały genom ogórka z wykorzystaniem sekwenatora GS FLX Titanium, w wyniku czego uzyskaliśmy 8 milionów fragmentów o średniej długości 375 nukleotydów. Metoda ta została wykorzystana także do sekwencjonowania tzw. sparowanych końców (ang. paired ends), co dało dodatkowe, czterokrotne pokrycie sekwencji całego genomu. Na koniec dokonaliśmy zmapowania i adnotacji genomu. W niniejszej pracy przedstawiamy pewne wybrane i charakterystyczne cechy sekwencji genomu ogórka oraz działania badawcze, które doprowadziły do odczytania sekwencji.

Author of the article: 
Download the article: 

Redakcja
Andrzej ŁUKASZYK – przewodniczący, Szczepan BILIŃSKI,
Mieczysław CHORĄŻY, Włodzimierz KOROHODA,
Leszek KUŹNICKI, Lech WOJTCZAK

Adres redakcji:
Katedra i Zakład Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu, ul. Święcickiego 6, 60-781 Poznań, tel. +48 61 8546453, fax. +48 61 8546440, email: mnowicki@ump.edu.pl

PBK Postępby biologi komórki