W ostatnich latach wzrosło zainteresowanie badaniami obejmującymi poznanie transkryptomu, umożliwiającymi wyłonienie funkcjonalnych składników genomu, co pozwala na pełniejsze zrozumienie funkcjonowania zarówno komórki jak i całych organizmów. Doprowadziło to do intensywnego rozwoju innowacyjnych metod sekwencjonowania służących badaniu RNA. Spośród takich nowatorskich procedur na uwagę zasługują techniki RNA-Seq. Pozwalają one na analizę całego transkryptomu z bardzo wysoką wydajnością, również na poziomie pomiaru ilościowego. Pozwalają m.in. na mapowanie miejsc startu transkrypcji, wykrycie produktów fuzji genów, czy też charakterystykę produktów alternatywnego składania. Mają spore szanse już wkrótce zastąpić obecnie stosowane metody analiz komórkowego RNA w tym również mikromacierze.