Merystem apikalny pędu pełni dwie zasadnicze funkcje: samoodtwarzania i tworzenia zawiązków organów bocznych, takich jak liście i pędy pachwinowe. Funkcje te są ściśle związane ze strefami cytohistologicznymi merystemu. Strefa centralna, która jest zaangażowana w samoodtwarzanie merystemu, u Arabidopsis thaliana charakteryzuje się ekspresją genów rodziny CLAVATA i WUSCHEL. Tworzenie zawiązków organów bocznych następuje w strefie peryferycznej. Położony poniżej strefy centralnej merystem słupowy uczestniczy w tworzeniu łodygi.