Promotory to krótkie odcinki DNA niezbędne do precyzyjnego kierowania procesem inicjacji transkrypcji, pełniąc rolę sekwencji regulatorowej genów, same nie ulegają transkrypcji. Zazwyczaj zlokalizowane są powyżej sekwencji kodującej genów. Ich strukturę tworzy kombinacja elementów rozpoznawanych przez polimerazę RNA zależną od DNA oraz liczne, współdziałające z nią czynniki transkrypcyjne, które wiążąc się z DNA umożliwiają rozpoczęcie i kontynuację transkrypcji. Poznanie struktury promotorów wydaje się kluczowe dla opisu maszynerii transkrypcyjnej i wyjaśnienia mechanizmów regulacji ekspresji genów. Największe zainteresowanie badaczy wzbudzają promotory polimerazy RNA II odpowiedzialne za syntezę frakcji mRNA i microRNA. Wśród promotorów genów eukariotycznych znacznie lepiej scharakteryzowane są te pochodzące z genomów zwierzęcych. Aktualna wiedzy o nich pozwala formułować pewne uogólnienia dotyczące budowy promotorów, ich modeli i zasad działania. Na tym tle, informacje o promotorach roślinnych, chociaż stale wzbogacane, są uboższe i w głównej mierze pochodzą z analiz genomowych sekwencji Arabidopsis thaliana i Oryza sativa, gatunków najlepiej charakteryzowanych na poziomie molekularnym. Analizy porównawcze, poza podobieństwami, ujawniają też szereg różnic świadczących o specyfice tych elementów wynikającej z odmiennych kierunków i tempa ewolucji genomów zwierząt i roślin. Odmienności strukturalne to głównie pochodna obecności lub braku pewnych motywów sekwencyjnych spotykanych w jednej, a nieobecnych w drugiej z grup. Do takich należą elementy: CpG, BRE, MTE, DPE, CCAAT-box czy Y-Patch. Pewne różnice dotyczące lokalizacji i sekwencji najwyższej zgodności (consensus) wskazano także dla elementów obecnych zarówno w promotorach genów zwierzęcych i roślinnych jak TATA-box czy Inr.