W transporcie auksyny pomiędzy komórkami uczestniczą białka należące do trzech rodzin, a mianowicie: białka z rodziny importerów AUX/LAX, transportery ABCB/PGP oraz białka rodziny eksporterów PIN. Poznane dotychczas białka, różniące się kierunkiem oraz mechanizmem transportu, współdziałają w transporcie auksyny przez błonę plazmatyczną. Jednakże w obrębie poszczególnych tkanek, kierunek przepływu auksyny wyznaczają zasadniczo polarnie rozmieszczone w błonie komórkowej nośniki PIN, których lokalizacja podlega ciągłym, dynamicznym zmianom.

Auksyny, reprezentowane głównie przez kwas indolilo-3-octowy (IAA), są grupą fitohormonów odgrywających kluczową rolę w regulacji licznych procesów wzrostu i rozwoju roślin. Wyniki badań zarówno biochemicznych, jak i genetycznych wskazują, że auksyny mogą powstawać na drodze przemian tryptofanu, bądź niezależnie od tego aminokwasu. U roślin funkcjonują cztery równoległe szlaki biosyntezy IAA zależne od tryptofanu, których nazwy pochodzą od związków pośrednich – indolilo-3-acetaldoksymu, indolilo-3-pirogrononianu, indolilo-3-acetamidu, tryptaminy.

UDP-glikozylotransferazy (GTazy, UGT) katalizują przeniesienie reszty cukrowcowej z aktywnego donora – urydynodifosfocukru, na specyficzną cząsteczkę akceptorową. Glikozylacja jest obecnie uważana za jeden z ważniejszych mechanizmów utrzymania homeostazy komórkowej poprzez regulację poziomu, aktywności i lokalizacji ważnych metabolitów podlegających tej modyfikacji. Glikozydy pełnią różnorodne funkcje w komórkach roślin uczestnicząc w przechowywaniu energii, tworzeniu struktury ściany komórkowej, sygnalizacji i oddziaływaniach typu komórka-komórka lub gospodarz-patogen.

Endopasożytnicze nicienie osiadłe, atakujące korzenie roślin stanowią poważny problem nowoczesnego rolnictwa. W interakcji kompatybilnej nicienie cystowe do mechanicznej penetracji korzenia wykorzystują specyficzny organ aparatu gębowego sztylet. Wyspecjalizowane gruczoły wydzielnicze umożliwiają im syntezę i sekrecję związków, które ułatwiają migrację przez tkanki korzenia oraz zmieniają program morfogenetyczny komórek gospodarza. W wybranej komórce inicjalnej zachodzi reaktywacja cyklu komórkowego, przebudowa ściany komórkowej oraz intensyfikacja metabolizmu podstawowego i wtórnego.

Transport auksyn odgrywa kluczową rolę w regulacji procesów wzrostu i rozwoju roślin. Tylko niewielka część auksyn jest transportowana między komórkami w drodze dyfuzji przez błonę komórkową, natomiast występująca w przewadze forma anionowa transportowana jest za pośrednictwem specyficznych nośników. W ostatnich latach udało się zidentyfikować kilka grup białek pośredniczących w polarnym transporcie auksyn. Poznano także w ogólnym zarysie rolę układu transportu pęcherzykowego w asymetrycznej lokalizacji tych białek w błonie komórkowej.

Hormony roślinne pełnią funkcje regulatorowe w procesach wzrostu i rozwoju roślin, ale zjawisko homeostazy hormonalnej nie jest całkowicie poznane. Koniugacja fitohormonów jest uważana za istotny element mechanizmu odpowiedzialnego za poziom tych związków w komórce. Jest to proces zachodzący u wszystkich przebadanych roślin w odpowiedzi na czynniki fizjologiczne i środowiskowe.

Szlak transdukcji sygnału auksynowego z miejsca percepcji fitohormonu do miejsca gdzie następuje odpowiedź komórki nie został jeszcze ostatecznie poznany. Szereg wyników sugeruje, że białko wiążące auksyny - ABP1, związane z błonowym białkiem dokującym, jest receptorem współdziałającym z białkiem G. Szlak transdukcji sygnału obejmuje aktywację fosfolipazy A2, która uwalnia wtórne przekaźniki pochodzenia lipidowego aktywujące kinazę białkową regulującą na drodze fosforylacji plazmatyczną H+-ATPazę.