W komórkach drożdży i ssaków RNA ulegają degradacji w złożonych mechanizmach zachodzących w cytoplazmie, jądrze i mitochondriach. Procesy degradacji wadliwych transkryptów z przedwczesnym kodonem stop lub pozbawionych kodonu stop zapobiegają syntezie niefunkcjonalnych, a także potencjalnie szkodliwych białek. U drożdży Saccharomyces cerevisiae opisano mechanizm, w którym degradacji ulegają cząsteczki mRNA zawierające strukturę typu ramię-pętla. W komórkach eukariotycznych transkrypty zawierające w rejonie 3' UTR sekwencje bogate w adeninę i uracyl charakteryzują się

W 2006 roku Nagrodę Nobla w dziedzinie medycyny/fizjologii otrzymali dwaj amerykańscy badacze Andrew Fire i Craig Mello za fundamentalne odkrycia w regulacji ekspresji genów u eukariontów. Dowiedli, że obecność dwuniciowego RNA w komórkach indukuje mechanizm prowadzący do specyficznego wyciszenia aktywności genu. Mechanizm ten nazwali interferencją RNA (RNAi). Dwuniciowy RNA jest w komórce rozcinany na krótkie, efektorowe RNA, zwane siRNA, które doprowadzają do wybiórczej degradacji docelowego mRNA. Proces zachodzi w cytoplazmie.